理论是为了解释反常现象、弥合常识矛盾而建构的，通过对常识中道理的系统化、整体性组织，为形形色色的事物提供统一解释的道理系统。
理论所依的道理从哪里来？从常识来。除了包含在常识里的道理，还能从哪里找到道理？
理论并不是常识的集合，它把包含在常识中的道理加以疏通和变形，组织成一个连贯的系统，在这个系统里，有些道理是原理，是大道理，统辖另一些道理。
理论的普遍性不是靠在广度上外推，理论的普遍性是深度带来的。
展开阐述
理论源于人类理解世界的本能冲动。当004-核心概念-常识无法解释反常现象（如虹吸）或其内在道理发生冲突时，我们就需要超越常识，通过营建理论来提供更连贯、更系统的整体解释。理论采掘常识中蕴含的道理，但它并非对常识的简单总结或精致化，而是一项旨在统一解释世界的新事业。
理论的类型
本书主要区分两种理论形态：
- 002-核心概念-自然哲学: 以亚里士多德的思辨理论为代表，它通过对经验和概念的反思来融通道理，追求对世界进行可被自然理解的、整体性的解释。其理论的整体性依赖于各部分观念之间自然可解的融洽关系。
- 003-核心概念-实证科学: 以牛顿的物理学理论为代表，它通过数学与实验的结合来探索客观世界的运行机制。其理论的整体性依赖于数理推论的一致性，结论的真伪取决于007-核心概念-预测和验证。
核心特征
- 系统性与统一性: 理论将零散的道理组织成一个由基本原理统辖的连贯体系，力求对尽可能广泛的现象提供统一解释。
- 超越与改造常识: 为了建构统一体系，理论家必须对常识中的道理进行组织、取舍和变形，因此理论的结论常常会与常识相左。
- 追求深度: 理论的普遍性并非来自对现象的简单归纳，而是通过发现深层机制或贯通深层道理来实现的，从而能够解释看似无关的现象。
理论的演变
一个整体性的理论（如亚里士多德体系）极难被局部的反例（证伪）所驳倒，它通常只能被另一个更成功的整体理论所取代。从地心说到日心说的转变，以及从自然哲学到实证科学的革命，都体现了理论整体被整体替代的历史过程。