黑暗战役是指在末日战役后，幸存的人类太空战舰之间，由于猜疑链的产生，为了争夺有限的生存资源而爆发的自相残杀的战斗。
“黑，真他妈的黑啊。” “不要返航，这里不是家！”
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背景
在61-事件-末日战役中，人类联合舰队几乎全军覆没，仅有“82-技术-“蓝色空间”号”、“84-技术-“青铜时代”号”、“81-技术-“自然选择”号”等七艘恒星级战舰幸存下来。这些幸存的战舰被迫逃离太阳系，成为在宇宙中流浪的孤舟，组成了“35-组织-星舰地球”。他们很快发现，所有飞船携带的燃料和备件等生存资源，无法支撑全部战舰到达任何一个可能的目标星系，一个残酷的生存死局摆在了所有幸存者面前：一部分人死，或者所有人死。
猜疑链的产生
在极端的生存压力下，幸存的战舰之间产生了43-理论-猜疑链。每一艘战舰都无法确定其他战舰是否会为了夺取自己的资源而发动攻击，即使相信对方是善意的，也无法确定对方是否相信自己是善意的，这种不信任的链条无限延伸，使得和平共存成为不可能。正如42-理论-黑暗森林法则所描述的，在这片黑暗的太空中，他人就是地狱。
战斗爆发
在持续了一个多月的黑暗对峙后，战斗终于爆发：
- 在“自然选择”号所在的五艘战舰组成的“星舰地球”舰队中，“终极规律”号率先发动攻击，用次声波氢弹瞬间杀死了“自然选择”号、“企业”号和“深空”号上的所有船员。
- “蓝色空间”号因其指挥官提前预见并做好了防御准备（将船内空气抽空），在攻击中幸免于难，并立刻对“终极规律”号进行了毁灭性的反击。
- 几乎在同一时间，在太阳系的另一端，“青铜时代”号也对同行的“量子”号发动了同样的突然袭击。
结局与影响
- 人类力量的再次削减：黑暗战役使幸存的人类太空力量进一步锐减，最后仅有“蓝色空间”号和“青铜时代”号两艘战舰幸存下来。
- 黑暗之船的诞生：这两艘幸存的战舰收集了被摧毁战舰的全部资源，切断了与地球的一切联系，彻底成为独立的星际文明，像两粒黑暗的种子，向着宇宙深处孤独地航行。
- 黑暗森林的预演：黑暗战役是宇宙黑暗森林状态在人类文明内部的一次惨烈预演，它血淋淋地证明了猜疑链的威力和生存竞争的残酷性。